部门和区域间协调的缺乏，导致了巢湖治理速度降低，《巢湖流域水污染防治规划(2006-2010年)》指出，巢湖治理十五规划中未动工的项目占到总安排项目的四分之一。

　　作为《总体方案》评审专家组组长，中科院院士陆大道指出，在市场经济条件下，环境保护也需经济机制来护航，巢湖污染治理要考虑建立生态补偿机制。

　　“要坚持受益者或破坏者支付、保护者或受害者赔偿的原则，才能逐步建立新的综合配套补偿机制，调动各方面的积极性。”程必定如是说。

　　据悉，待批准的《总体方案》中就明确规定了高层协调制度，并规定要实行责任制，理清各个部门，各个城市的责任，强调协作与合作。