然而，好景不长。从2002年起，国家民航总局一手在批民营航空公司，一手抓合并，组建三大航空集团。云南航也被并入了东航集团。

　　“若按盈利水平来说，云南航在全国航空公司排名靠前，不仅自身可以发展很好，还有可能发展壮大吃掉东航。”当时有许多云南人不服气。

　　有数据可以说话。东航股份(600115.SH)年报显示：2003年东航公司亏损7.8亿；2004年由于政策性补贴小幅盈利；2005年亏损4.67亿；2006年东航创纪录巨额亏损——27.79亿。这一年，它成为国内三大航空公司中唯一亏损的公司。一直到去年，东航才走出巨亏阴影，盈利5.86亿元。其中，有将近1个亿的利润是东航云南分公司贡献的。

　　更重要的是，在得到云南航这颗“金蛋”后，东航对运力的投入发生了倾斜，云南省政府对此并不认同。

　　2004年初东航发动的“上海保卫战”，使得部分地方分公司的市场运力投放不足，东航留下的市场空隙迅速被其他航空公司挤占。

　　“在东航看来，云南分公司是东航整体的一部分，必须为东航的整体战略服务。而云南省政府则出于自身的发展考虑，希望东航云南分公司能在支持云南对外交流和经济发展上发挥更大的能量和主动性。这形成了一个矛盾。”一位云南省政府的内部人士对本报记者透露，比如，云南省政府多次提出，希望东航云南分公司能开通昆明直达欧美澳等地的定期航线，但被东航以“不具备完全成熟的条件”予以拒绝。

　　在东航方面看来，云南省政府方面提的要求甚多，但给予的支持却不多。对于开设国际航线很积极，但开航之后的支持却不够。

　　在与东航无法达成共识的情况下，“是花钱买回云南航，还是新成立一家航空公司，云南省政府都想过。”一知情人士透露。

　　2006年3月，当时云南省副省长李汉柏曾亲自带队到东航总部谈判，希望东航能让出51%的东航云南分公司股份，由云南省政府入主，并且恢复以前云南航的“孔雀”航徽。但此建议遭到了东航的拒绝。